Аллигаторы и крокодилы имеют очень много общих черт и являются близкими родственниками – оба принадлежат к отряду крокодилов. Однако различить их можно по нескольким признакам. У аллигаторов морда обычно более широкая, плоская и закругленная, а у крокодилов морда узкая и V-образная. И аллигаторы, и крокодилы имеют мощные челюсти, но более широкая челюсть аллигатора имеет четкий край.

Еще одно отличие заключается в том, как у них смыкаются челюсти. У аллигаторов верхняя челюсть шире нижней, поэтому когда пасть закрыта, верхние зубы можно видеть снаружи, в то время как нижние почти совершенно спрятаны. У крокодилов верхняя и нижняя челюсти примерно одинаковы по ширине, поэтому когда пасть закрыта, их зубы (они тоже видны снаружи) смыкаются. Особенно заметен у крокодила большой четвертый зуб снизу.

Оба вида предпочитают пресную воду, но крокодилы более терпимы к соленой воде, чем аллигаторы, так как у них на языке имеются солевые железы, помогающие им избавляться от избытка соли. Кожа крокодила также отличается от кожи аллигатора: у крокодилов она вся покрыта мелкими черными пятнышками, у аллигаторов такие пятнышки имеются только вокруг челюстей. Эти пятнышки представляют собой особые сенсорные ямки, помогающие животному обнаруживать присутствие добычи и улавливать изменения давления воды. Крокодилы считаются более агрессивными, чем аллигаторы, и хотя это действительно так относительно некоторых видов, следует помнить, что существуют различные виды крокодилов и аллигаторов и поведение каждого из них может отличаться от поведения других видов.